Cikal bakal pembentukan Program Studi (PS) Teknologi Hasil Pertanian (THP) dimulai dengan keikutsertaan Ir. F.J. Rumahlatu, M.Sc. dalam lokakarya kurikulum Teknologi Pangan Indonesia di Biotrop Bogor pada tahun 1995. Melalui kegiatan ini, berkembang wacana untuk membentuk PS THP. Sebagai tindak lanjutnya, dibentuk minat THP pada PS Agronomi oleh Dekan saat itu, Ir. J.D. Puttinela, sesuai dengan Surat Keputusan Dekan Fakultas Pertanian Universitas Pattimura (UNPATTI) No. 14/PT16.H4.FP/SK/1996 tentang Pembentukan Minat Teknologi Hasil Pertanian yang merupakan Jurusan Bayangan pada Fakultas Pertanian Universitas Pattimura. Pada tahun 1996, Ketua Jurusan Budidaya Pertanian (BDP) Ir. F.J. Rumahlatu, M.Sc. membentuk Tim Penyusun Proposal sesuai dengan SP No. 02/PT16.FP2/SP/96, terdiri dari Ir. L. Ega, M.S., Ir. R. Breemer, M.Si. dan Ir. S. Palijama untuk menyusun proposal dan segala sesuatu yang menyangkut persiapan pembentukan PS dimaksud. Masih pada tahun yang sama, Dekan Fakultas Pertanian menugaskan dua orang staf dosen yaitu Ir. L. Ega, M.S. dan Ir. R. Breemer, M.Si., untuk mengikuti pelatihan Pengendalian Mutu dan Keamanan Pangan di IPB Bogor sekaligus mempresentasikan proposal yang telah dibuat untuk mendapat pertimbangan dari beberapa staf dosen Jurusan Teknologi Pangan, Fakultas Teknologi Pertanian, IPB. Hasil presentasi dan diskusi tersebut, selanjutnya dilaporkan ke pimpinan Fakultas serta pimpinan Univesitas (PR I) yang saat itu dijabat oleh Prof. Dr. J.E. Louhenapessy.

Pada tanggal 2 Juni 1999 resmi berdiri PS THP di Fakultas Pertanian UNPATTI dengan SK Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor: 278/DIKTI/Kep/1999 tentang Pembentukan Program Studi S1 Teknologi Hasil Pertanian Universitas Pattimura, dengan Ketua Program Studi Ir. J. Talahatu, M.P., yang menjabat sampai tahun 2004, dan digantikan dengan Ir. S. Palijama, M.P., kemudian pada tahun 2009 dijabat oleh Ir. R. Breemer, M.Si.sampai tahun 2013, dan dilanjutkan oleh Ir. M. Mailoa, M.Si. sejak tahun 2013 dan akan berakhir pada tahun 2017.

Sampai dengan bulan April 2013, PS THP masih merupakan bagian dari Jurusan Budidaya Pertanian (BDP). Berdasarkan SK Rektor UNPATTI No. 272/UN13/SK/2013, tanggal 15 Mei 2013 tentang Pembentukan Jurusan Teknologi Hasil Pertanian pada Fakultas Pertanian Universitas Pattimura, maka PS THP melepaskan diri dari Jurusan BDP dan selanjutnya berada di bawah Jurusan THP. Ketua dan Sekretaris Jurusan pertama adalah Ir. R. Breemer, M.Si. dan Ir. G.H. Augustyn, M.Si. (2013-2017).